El diagnóstico de VPH se realiza mediante el examen de colposcopia en la mujer y faloscopia en el hombre, además de estudios como la biopsia de tejido directo. No se diagnostica con citología o Papanicolaou. Después de obtener el estudio diagnóstico y clasificar el nivel de riesgo oncogénico, se programa un tratamiento para la destrucción y erradicación del virus en tejido, ya que este (el virus) no se encuentra en la sangre como aseguran otros puntos de vista.